Расположение порта в городской черте обязывает особенно внимательно подходить к проблемам охраны окружающей среды, учитывая тот факт, что значительную часть перерабатываемых в порту грузов составляют навалочные.
Основным направлением природоохранных работ является борьба с пылением. Выбросы пыли апатита в атмосферу снизились с 10,5 т/год до 4 т/год, благодаря вводу в эксплуатацию пылеподавляющей телескопической трубы «Cleveland Cascades» на перегрузочном комплексе по переработке апатитового концентрата. Пылеподавляющая телескопическая труба «Cleveland Cascades» награждена специальной награ¬дой Королевы Англии. Она не имеет равных с точки зрения защиты окружающей среды. В отличии от других систем пылеподавления, которые обладают сложным подавля¬ющими оборудованием, требующим дорогостоящего обслуживания, «Cleveland Cas-cades» - насадка открытого типа.
Она работает с потоком груза, который следует сквозь секции наклонных усеченных конусов с низкой скоростью. Запатентованная технология не только сводит к минимуму пыление, но и значи¬тельно улучшает качество продукта.
Одним из важных способов борьбы с пылением является орошение штабелей навалочных грузов. Система орошения уже действует на 1 грузовом районе и готовится к запуску на втором.
Кроме этого регулярно в течении суток производится очистка территории от просыпей и пыли . В процессе уборки поливомоечная машина увлажняет просыпи и вслед за ней автопогрузчик, оснащенный щеткой, собирает увлажненный груз и зачищает территорию.
В 2006 году для уборки территории порта приобретена пылеуборочная машина Johnston на базе МАЗ-МВП которая производит не только систематическую поливку территории, но и с помощью вакуумного пылесоса убирает пыль. В 2009 приобретена еще одна поливомоечная машина.
Соблюдение требований рабочих технологических карт перегрузки и «Схемы Природоохранные мероприятия по снижению выбросов в атмосферный воздух и порядок оповещения при неблагоприятных метеорологических условиях и усилении ветра» способствуют улучшению экологической обстановки.
На решение экологических проблем израсходовано в 2008 году 20867,6 тыс. рублей.