Валерий Карпеко работает в системе здравоохранения с 1983 года.
После окончания в 1987 году Донецкого государственного медицинского института работал врачом-анестезиологом-реаниматологом областной клинической больницы имени Калинина.
В здравоохранение Мурманской области Валерий Карпеко пришел в декабре 1993 года. Более 10 лет работал врачом-анестезиологом-реаниматологом Центральной городской больницы города Заозерска.
В практическое здравоохранение после 11 лет муниципальной службы вернулся в ноябре 2012 года на должность заместителя главного врача по амбулаторно-поликлинической работе Североморской центральной районной больницы.
С 5 февраля 2013 года Валерий Карпеко приступил к обязанностям главного врача Североморской центральной районной больницы.
