В конце 4 века нашей эры Александрия постепенно складывала с себя полномочия мировой культурной столицы. Здесь живет и творит красавица Гипатия, дочь директора Александрийской библиотеки. Это первая в истории женщина-ученый. Она преподает математику, философию и астрономию. На ее лекциях яблоку негде упасть. Среди учеников — Орест из благородной семьи и Даус, бывший раб. Они оба влюблены в Гипатию, а она разрывается между ними, не зная, кого выбрать. В это время набирает ход христианское движение, которое получает благословение со стороны государства. Начинается делёж Александрии.
Режиссер картины испанец Аменабар сознательно не принимает чью-либо сторону в религиозном противостоянии. Он старается показать положительные моменты каждой веры. Гипатия также не принадлежит к религии, ее вера — это философия. Даже любовная линия, в некоторых фильмах искусственно раздутая до невероятных размеров, в «Агоре» - лишь один из кирпичиков. Эпических сражений на улицах Александрии вы также здесь не увидите. По какой орбите вращается Земля вокруг Солнца — вот где эмоции картины. И все это происходит вблизи или на самой агоре — центральной площади, где народ решает судьбу Александрии.
