Идея создания заповедника возникла в конце 1920-х - начале 30-х годов в среде учёных, занимающихся изучением природы Кольского Севера. По результатам экспедиций Александр Формозов сделал выводы о катастрофическом положении гагачьих гнездовий и значительном сокращении численности гаги обыкновенной на Баренцевом и Белом морях из-за хищнической организации промысла. Это стало поводом для создания особо охраняемой природной зоны.
Территория заповедника состоит из 13 участков. Большинство участков представляют собой морские архипелаги с прилегающей акваторией. Поэтому из 78608 га его площади 74 % приходится на морскую акваторию, а массовыми обитателями являются морские колониальные птицы. Таким образом, Кандалакшский заповедник можно считать первым морским заповедником, образованным в России.
